San Pancrazio si staglia a circa 500 m di altitudine come una terrazza sui colli del Chianti aretino e rientra nel territorio comunale di Bucine, in provincia di Arezzo. La conformazione collinare e boschiva di questi territori ha garantito nel corso del tempo la conservazione del panorama agreste caratteristico del versante appenninico. La posizione elevata nei confronti delle valli circostanti fa si che il borgo sia sovente attraversato da flussi ventosi.
A breve distanza dal borgo si trovano altre frazioni facenti parte del Comune di Bucine, quali Ambra, Badia a Ruoti, Pogi, Levane, Badia Agnano, Capannole. Sono inoltre facilmente raggiungibili alcune tra le principali città d’arte del territorio: dista infatti 30 km dal centro provinciale Arezzo, 70 km dal capoluogo regionale Firenze, 40 km da Siena e 80 km dal capoluogo umbro Perugia.